Syeikh Muhammad Abduh banyak mengambil inspirasi daripada Gerakan Islah yang dipelopori oleh Sayid Jamaluddin al-Afghani. Kesannya, beliau lebih bersikap terbuka berbanding sebelumnya.

Beliau banyak memberi saranan ke arah pembangunan rohani dan jasmani umat Islam. Saranan-saranan beliau meliputi aspek-aspek berikut:

• Akidah: Syeikh Muhammad Abduh menyeru umat Islam agar kembali kepada ajaran sebenar dalam bentuk yang asal dan murni serta menyesuaikannya dengan kehendak semasa. Syaratnya, ia tidak boleh bercanggah dengan kehendak al-Quran dan Sunnah. Beliau menolak sekeras-kerasnya konsep Taqlid al-A'ma (Bahasa Arab: تقليد الأعمى) atau taklid buta. Beliau mengajak umat Islam mempelajari ilmu-ilmu Fardu Ain dan Fardu Kifayah untuk membina umat yang mempunyai daya fikir yang tinggi dan seterusnya mampu keluar daripada belenggu penjajahan.
• Integrasi ilmu: Syeikh Muhammad Abduh mendapati sisitem pendidikan pada masa itu hanya tertumpu kepada bidang-bidang agama dalam bentuk huraian kitab-kitab klasik tanpa cuba disesuaikan dengan kehendak semasa. Berdasarkan pengalamannya belajar di Tanta dan Universiti al-Azhar, beliau mendapati keadaan pembelajaran di Tanta terlalu mundur, sehingga disifatkan anak muda yang suka belajar di situ sentiasa dibendung rasa putus asa. Keadaan di Universiti al-Azhar juga sama. Beliau mengkritik dengan katanya:

"Aku sangka pengajian seperti ini hanya berlaku di Tanta sahaja, tetapi juga berlaku di al-Azhar. Aku dapati 95 peratus daripada pelajarnya tidak dapat bertahan lebih lama dengan corak pengajaran seperti ini. Para guru mengajar apa yang dia faham ilmu itu tanpa mengira kemampuan pemahaman seseorang pelajar. Mereka menyangka pelajar telah faham, sedangkan sebenarnya mereka tidak faham."

Beliau menyarankan supaya bidang-bidang ilmu Fardu Kifayah dimasukkan ke dalam kurikulum sekolah dan universiti. Saranan itu diterima oleh Kerajaan Mesir. Sukatan pengajian di Universiti al-Azhar diubah selaras dengan saranan beliau dan dijadikan sebagai model kepada pusat-pusat pengajian tinggi lain di seluruh dunia Islam.

• Kecekapan pentadbiran: Ketika Syeikh Muhammad Abduh bertugas sebagai Hakim di Mahkamah Rayuan Mesir, beliau mendapati kepincangan dalam sistem pentadbiran kehakiman. Beliau berpendapat ia tidak sistematik dan perlu dengan pengislahan. Pengislahan yang dilakukan dimuatkan di dalam karyanya yang berjudul at-Tahrir fi Islah al-Mahakim as-Syar'iyyah (Bahasa Arab: التحرير في إصلاح المحاكم الشرعية).